Desa Sapen secara administratif termasuk dalam wilayah Kecamatan Mojolaban Kabupaten Sukoharjo. Penamaan/nomenklatur Desa Sapen berdasarkan adat istiadat secara turun temurun sejak jaman kerajaan Mataram dan pada saat penjajahan Belanda nama tersebut tetap dilestarikan sampai dengan sekarang. Bersumber dari salah satu warga (sesepuh desa) bahwa konon ceritanya nama Sapen adalah diambil dari dk. Sapen, dimana dulu di dk. Sapen situ ada sebuah batu besar yang ada bekas telapak kaki sapi. Istilah ini muncul karena dulunya asal-usul penduduk Desa Sapen sebagian besar adalah ternak sapi yang bekerja sebagai petani yang pernah mengalami masa kejayaannya. Menjadi masyarakat yang mayoritas petani tentunya dituntut untuk bekerja keras demi menghasilkan yang terbaik dalam waktu yang cepat.
Sejak dimekarkannya/dibentuknya, Desa Sapen telah mengalami masa kepemimpinan selama 4 (empat) kali, yaitu :
Tahun (1955-1987) Darso Suparno, (Kades) dan Citro Suwarno (Carik)
Tahun (1988-2006) Drs. Adi Sumilardjo (Kades) dan Hadi Sumanto (Sekdes)
Tahun (2006-2018) Waris Sukaryadi, S.Sos (Kades) dan Suyono (Sekdes)
Tahun (2018-Sekarang) Bajank Sukarmo (Kades) dan Suwanto (Sekdes)